D'avril à décembre 2012, la ville de Tombouctou au Mali a été occupée par les mouvements AQMI et Ansar Dine, avant que la ville ne soit reprise par les armées française et malienne dans le cadre de l'opération Serval. Pendant cette brève période les islamistes radicaux se sont lancés dans une destruction méthodique des nombreux tombeaux de saints musulmans et mausolées de la ville, ainsi que des inestimables manuscrits datant de l'époque impériale ouest-africaine. De ces destructions symboliques, qui ont indigné la communauté internationale (Tombouctou a été classé par l'UNESCO "patrimoine mondial en danger"), le film d'Abderrahmane Sissako (qui d'ailleurs n'a pas pu être tourné sur les lieux) ne parle pas. Comment s'indigner des destructions matérielles quand c'est la vie même qu'on assassine : c'est ce que semble nous indiquer la juxtaposition en ouverture d'une chasse à la gazelle et d'un bal-trap sur des statues africaines. Ce dont Abderrahmane Sissako parle, c'est de tout le reste, de tout ce qu'a eu à subir la population de Tombouctou pendant l'occupation, mais qui n'est que la triste répétition de scènes déjà vécues ailleurs, en Afghanisation sous le joug des talibans, ou au Nigéria dans les fiefs de Boko Haram : interdiction de tous les plaisirs quotidiens (musique, cigarettes, football), emprisonnement des femmes dans des prisons d'étoffe (la vendeuse de poissons obligée de porter des gants), instauration d'une charia aux châtiments aussi absurdes que cruels (terrible scène de lapidation d'un couple "adultère")… Timbuktu nous place au cœur des ténèbres de l'obscurantisme, et montre les petites lueurs qui tentent d'y persister. L'intérêt du film est aussi d'y montrer des djihadistes de chair et d'os, terriblement humains (et souvent ridicules) dans leur tartufferie (on interdit le foot mais on parle de Zidane, on fume en cachette, on convoite la femme d'un autre) ou leur désarroi existentiel (très belle scène ou un jeune français tente de justifier sa conversion).

Comme son précédent long-métrage Bamako, Timbuktu souffre d'une certaine raideur fictionnelle, l'intrigue principale du film (celle d'un berger touareg qui suite à un meurtre accidentel est soumis à la justice islamique) s'asservissant trop visiblement au message humaniste que le réalisateur entend porter. Mais le film emporte l'adhésion par ses fulgurances lyriques, telle cette sublime séquence de "air-football" improvisée par des gamins privés de ballon.